विकास कार्यों के वित्तपोषण के अलावा, एनईसी सक्रिय रूप से उनके कार्यान्वयन की निगरानी भी करता है। एनईसी क्षेत्रीय स्तर के मॉनिटर (ग्रामीण विकास मंत्रालय के तहत पीएमजीएसवाई के लिए राष्ट्रीय स्तर के मॉनिटर के समान) को नियुक्त करता है, जो परियोजनाओं के मूल्यांकन के लिए डोमेन विशेषज्ञता वाले सेवानिवृत्त वरिष्ठ अधिकारी हैं। एनईसी, एनईसी सहायता प्राप्त परियोजनाओं के प्रभाव आकलन अध्ययन के संचालन के लिए वैपकोस, वेबकॉन, आईआईई आदि जैसे संस्थानों/संगठनों को भी संलग्न करता है। निरीक्षण रिपोर्ट एनईसी वेबसाइट पर अपलोड की जाती है और इच्छुक हितधारकों द्वारा इसका उपयोग किया जा सकता है। ये मूल्यांकन एनईसी परियोजनाओं की अनिवार्य त्रैमासिक समीक्षा बैठकों के साथ-साथ नियंत्रक और महालेखा परीक्षक द्वारा लेखा परीक्षा के माध्यम से संबंधित राज्यों द्वारा की गई निगरानी के अलावा हैं।